| 科 | 亜科 | 属 | 種 | 疾患名 |
| レオウイルス科 | オルソレオウイルス属 | レオウイルス | ||
| オルビウイルス属 | ||||
| ロタウイルス属 | ロタウイルス | 消化管感染症、冬期乳児下痢症 | ||
| コルチウイルス属 | コロラドダニ熱ウイルス | |||
| カリシウイルス科 | ノロウイルス属 | ノーウォークウイルス | 急性胃腸炎 | |
| サポウイルス属 | サッポロウイルス | 急性胃腸炎 | ||
| ピコルナウイルス科 | エンテロウイルス属 | ポリオウイルス | 急性灰白髄炎 | |
| コクサッキーウイルスA群 | 手足口病、ヘルパンギーナ | |||
| コクサッキーウイルスB群 | 流行性筋痛症、心筋炎 | |||
| エンテロウイルス | 急性出血性結膜炎 | |||
| ライノウイルス属 | ライノウイルス | かぜ症候群 | ||
| ヘパトウイルス属 | A型肝炎ウイルス | A型肝炎 | ||
| アストロウイルス科 | アストロウイルス属 | アストロウイルス | 胃腸炎 | |
| ヘペウイルス科 | ヘペウイルス属 | E型肝炎ウイルス | E型肝炎 | |
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フラビウイルス科 （Family Flaviviridae） |
フラビウイルス属 | 黄熱ウイルス | 黄熱病 | |
| デングウイルス | デング出血熱 | |||
| 日本脳炎ウイルス | 日本脳炎 | |||
| SLEV | セントルイス脳炎 | |||
| MVEV | マレー渓谷脳炎 | |||
| ウエストナイルウイルス | ウエストナイル熱 ウエストナイル脳炎 |
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| 中央ヨーロッパ脳炎 | ダニ媒介性脳炎 | |||
| ロシア春夏脳炎 | ダニ媒介性脳炎 | |||
| ヘパシウイルス属 | C型肝炎ウイルス | C型肝炎 | ||
| ペスチウイルス属 | ボーダー病ウイルス | ボーダー病 | ||
| トガウイルス科 （Family Togaviridae） |
ルビウイルス属 | 風疹ウイルス | 風疹 | |
| アルファウイルス属 | シンドビスウイルス | シンドビス熱 | ||
| チクングニアウイルス | チクングニア | |||
| 東部ウマ脳炎ウイルス | 東部ウマ脳炎 | |||
| 西部ウマ脳炎ウイルス | 西部ウマ脳炎 | |||
| ベネズエラウマ脳炎ウイルス | ベネズエラウマ脳炎 | |||
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レトロウイルス科 （retrovirus） |
デルタレトロウイルス属 | ヒトTリンパ球向性ウイルス | 成人T細胞白血病 | |
| レンチウイルス属 | ヒト免疫不全ウイルス | AIDS | ||
| コロナウイルス科 | コロナウイルス属 | コロナウイルス | かぜ症候群 | |
| SARSコロナウイルス(SARS-CoV-1) | SARS | |||
| MERSコロナウイルス | MERS | |||
| SARS-CoV-2 | COVID-19 | |||
| フィロウイルス科 | マールブルグ様ウイルス属 | マールブルグウイルス | マールブルグ病 | |
| エボラ様ウイルス属 | エボラウイルス | エボラ出血熱 | ||
| ラブドウイルス科 | リサウイルス属 | 狂犬病ウイルス | 狂犬病 | |
| ブニヤウイルス科 | ブニヤウイルス属 | カリフォルニア脳炎ウイルス | カリフォルニア脳炎 | |
| ハンタウイルス属 | ハンターンウイルス | 腎症候性出血熱 | ||
| ナイロウイルス属 | クリミア・コンゴ出血熱ウイルス | クリミア・コンゴ出血熱 | ||
| フレボウイルス属 | リフトバレー熱ウイルス | リフトバレー熱 | ||
| オルソミクソウイルス科 | A型インフルエンザウイルス属 | A型インフルエンザウイルス | インフルエンザ | |
| B型インフルエンザウイルス属 | B型インフルエンザウイルス | |||
| C型インフルエンザウイルス属 | C型インフルエンザウイルス | |||
| トゴトウイルス属 | トゴトウイルス | |||
| ドーリウイルス | ||||
| パラミクソウイルス科 | パラミクソウイルス属 | パラインフルエンザウイルス | パラインフルエンザ感染症 | |
| ムンプスウイルス | 流行性耳下腺炎 | |||
| モルビリウイルス属 | 麻疹ウイルス | 麻疹 | ||
| ニューモウイルス属 | RSウイルス | かぜ症候群 | ||
| アレナウイルス科 | アレナウイルス属 | ラッサウイルス | ラッサ熱 | |
| リンパ性脈絡髄膜炎ウイルス | 無菌性髄膜炎、発熱性疾患など | |||
| フニンウイルス | アルゼンチン出血熱 | |||
| マチュポウイルス | ボリビア出血熱 | |||
| グアナリトウイルス | ベネズエラ出血熱 | |||
| デルタウイルス属 | D型肝炎ウイルス | |||
| パルボウイルス科 | パルボウイルス亜科 | エリスロウイルス属 | B19ウイルス | 伝染性紅斑 |
| デペンドウイルス属 | アデノ随伴ウイルス | |||
| ポリオーマウイルス科 | ポリオーマウイルス属 | JCウイルス | 進行性多巣性白質脳症 | |
| パピローマウイルス科 | パピローマウイルス属 | ヒトパピローマーウイルス | 尋常性疣贅、ミルメシア、扁平疣贅 尖圭コンジローム、EV |
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| アデノウイルス科 | マストアデノウイルス属 | ヒトアデノウイルス | 急性熱性咽頭炎 急性上気道疾患 アデノウイルス肺炎 乳幼児急性胃腸炎 小児腸重積 急性出血性膀胱炎 咽頭結膜熱(プール熱) 急性濾胞性結膜炎 流行性角結膜炎(はやり目) |
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| ヘパドナウイルス科 | オルソヘパドナウイルス属 | B型肝炎ウイルス | B型肝炎 | |
| ヘルペスウイルス科 | アルファヘルペスウイルス亜科 | シンプレックスウイルス属 | HHV-1 (単純ヘルペスウイルス1型) |
口唇ヘルペス |
| HHV-2 (単純ヘルペスウイルス2型) |
陰部ヘルペス | |||
| バリセラウイルス属 | HHV-3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
水痘・帯状疱疹 | ||
| ベータヘルペスウイルス亜科 | サイトメガロウイルス属 | HHV-5(サイトメガロウイルス) | ||
| ロゼオウイルス属 | HHV-6 | 突発性発疹 | ||
| HHV-7 | 突発性発疹 | |||
| ガンマヘルペスウイルス亜科 | リンフォクリプトウイルス属 | HHV-4 (EBウイルス) |
バーキットリンパ腫 上咽頭癌 伝染性単核球症 |
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| ラディノウイルス属 | HHV-8 | カポジ肉腫、キャッスルマン病 | ||
| ポックスウイルス科 | 脊椎動物ポックスウイルス亜科 | オルトポックスウイルス属 | 痘瘡ウイルス | 天然痘 |